In Numbers Station dreht sich alles um die Geheimwaffe des US-Geheimdienstes: Emerson Kent (John Cusack). Durch einen nahezu missglückten Einsatz fällt dieser in Ungnade und erhält durch einen Aufenthalt bei einer Nummernstation (Numbers Station), die Chance sein Fehlverhalten auszugleichen und wieder gut zu machen.